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PCR扩增仪的污染原理主要涉及到交叉污染，这种污染主要来源于试剂、模板、仪器以及空气中的微生物等，PCR扩增时，由于目标序列在大量复制，任何残留的污染都可能成为新的污染源，这些污染物可能来源于试剂、样本间的交叉污染，也可能是空气中存在的微生物导致的，如果PCR扩增仪的冷却系统降温不彻底，也可能导致试剂蒸发后凝结在仪器管道内壁上，进而造成污染，PCR实验室的空气净化、清洁消毒工作十分重要。
关于PCR扩增仪的消毒，可以采取以下步骤和措施：
1、每次实验前后需要用75%酒精擦拭仪器表面和内部部件进行消毒，对于热反应室的消毒，可以使用专门的清洁剂和消毒方法，确保实验室通风良好，以减少空气中的微生物浓度。
2、对于热反应室的消毒处理，应定期进行深度清洁和消毒，可以使用紫外线照射或化学消毒剂进行清洁和消毒处理，热反应室的温度控制也是关键，确保温度足够高以杀死任何潜在的微生物。
3、在PCR实验过程中，应使用一次性吸头等耗材，避免交叉污染，用过的耗材应及时丢弃在专门的垃圾桶中，避免污染实验室环境，实验室内的空气过滤系统也需要定期维护和更换滤网。
PCR扩增仪的消毒工作十分重要，需要定期进行深度清洁和消毒处理，确保实验室环境的清洁和安全性，实验室人员也需要严格遵守实验室规章制度和操作规范，避免交叉污染和微生物污染的发生。